Se encuentra situado justo en la encrucijada de los ríos Pedras y Barbanza a pocos metros del puente Romano, en las piscinas naturales del río Pedras. Las condiciones de dureza del lugar en el que estaba emplazado provocan en 1474 el traslado de este convento a las inmediaciones de la Iglesia de Santa María del Xobre, traslado promovido por la Casa de Xunqueiras para dar lugar al nacimiento del monasterio de San Antonio. Hoy en día pueden verse las plataformas de explanadas de este antiguo eremitorio en la Miserela.
En su capilla mayor estaba el sepulcro de Esteban de Xunqueiras y su mujer Teresa (en la actualidad se encuentran en el Pazo de Oca). En este convento existió un colegio de filosofía y teología. Muchos misioneros evangelizadores del nuevo mundo se formaron en este convento del Xobre. Manuel Fernández Varela asistió a este monasterio de niño al colegio. El convento estaba regentado por frailes franciscanos observantes y pertenecían a la provincia franciscana de Santiago. Fue suprimido en 1835 por la junta de gobierno de la Coruña tras la publicación del Real Decreto del 25 de julio por el que se suprimían los monasterios y conventos de religiosos con menos de doce individuos profesos. Era el tiempo de la exclaustración.
En esta etapa, hasta el siglo XVIII, conoce su momento de esplendor hasta que desaparece como institución con las leyes desamortizadoras del XIX. En el siglo XX tuvo un inquilino de honor durante 4 años: Ramón María del Valle-Inclán. De 1917 a 1921 vivió en la Merced donde desarrolló buena parte de su producción literaria.
